内蒙古蒙医药工程技术研究院（简称研究院）成立于2013年10月，是内蒙古自治区新型研发机构。研究院主要依托国内外大学和相关企业创新资源和研发平台，开展蒙药新药、健康产品、关键技术及核心技术的研发等工作。实行理事会领导下的院长负责制。

研究院现有专职人员31人，教授8人、特聘教授5人、博士8人。研发团队获批自治区“草原英才”工程产业创新人才团队（2017年）、通辽市“科尔沁英才”人才团队（2017年）、通辽市民族团结进步模范集体（2019年）；2018年研究院与内蒙古民族大学共同获批蒙药研发国家地方联合工程中心；2020年研究院党支部被命名为全市“六个好”社会组织党组织。

研究院设有蒙药资源保护及种植栽培研究室、蒙药配伍规律研究室、蒙药提取制备工艺研究室、蒙药质量标准及稳定性研究室、蒙药药理及安全性评价研究室、蒙药制剂中试基地、蒙药及食品检验检测中心等机构。现拥有200余台（件）仪器设备，总值达1200万元。

研究院是中国民族医药协会蒙医药专业委员会会长单位、中国中药资源学会副会长单位、中国民族医药学会科研分会执行会长单位、内蒙古蒙医蒙药产业技术创新战略联盟理事长单位、内蒙古蒙医药学会副会长单位、内蒙古食药学会副会长单位。

研究院正在承担国家重点研发计划项目、国家自然科学基金、国家十三五重大新药创制项目、中央引导地方科技发展专项、自治区蒙医药科技重大专项、自治区科技计划项目、自治区食药局蒙药质量标准提升项目等项目，研究内容包括蒙医药基础理论的传承与创新、特色蒙药材标准化种植与推广、蒙药材及其制剂标准化研究、蒙药有效物质基础及安全性评价研究、蒙药新药及保健品的研发、蒙药产业化关键技术、蒙药科技支撑体系建设及蒙医药国际化交流等。

内蒙古蒙医药工程技术研究院在蒙药研发科技合作方面，对外主要与蒙古国、俄罗斯、澳大利亚、美国等国家相关机构或专家合作；对内主要与华中科技大学、天津药物研究院、中国中医科学院、南京中医药大学、上海中医药大学、黑龙江中医药大学、吉林大学、内蒙古民族大学、内蒙古医科大学等单位合作开展研发工作。

研究院秉持“求真务实、开放包容、协同创新、彰显特色”的发展理念，致力于创建蒙医药文化传承基地、蒙医药人才培养基地、蒙医药标准化基地、蒙医药科学研究基地、蒙医药成果转化基地、蒙医药助推产业基地、蒙医药国际合作基地而不懈奋斗。