一、基本原则
1、坚持统筹协调，实现科学发展。
2、坚持转变发展方式，突出特色与优势。
3、坚持继承和创新，推动科技进步。
4、坚持以改革促发展，加强体制机制建设。
二、发展定位
1、研究院定位：市场导向、企业主体、政府引导、社会资本参与、高校和研究机构技术支撑的新型研发机构。
2、目标定位：蒙医药科学研究基地、蒙医药人才培养基地、蒙医药技术转移基地、蒙医药国际合作基地。
3、研发产品定位：蒙药新药、保健食品、配方颗粒。