内蒙古自治区蒙医药学会是中国共产党领导下的蒙医药科学技术工作者的学术性群众团体，是内蒙古自治区科学技术协会的组成部分。成立于1978年10月。其宗旨为坚持实事求是的科学态度，认真贯彻党的民族政策和民族医药政策，坚持蒙医药与现代科技相结合的科研、学术交流和科学普及工作，为提高人民的健康水平，建设有中国特色的社会主义服务，为我国民族医药事业的发展服务。
学会成立以来，认真贯彻执行其宗旨和任务，积极开展蒙医蒙药、蒙中西医相结合学术交流活动，组织重点课题的研究和科学考察，编辑出版《蒙医药》杂志和有关资料，协助卫生行政部门承担了蒙医药继续教育工作，举办各种培训班、学术讲座，推广学术成果，提高了广大蒙医药工作者的学术水平。其下设内科专业委员会、外治外科专业委员会、蒙药专业委员会、管理专业委员会。每四年召开一次自治区会员代表大会，在理事会的领导下，由秘书长或副秘书长负责主持本会日常工作。