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研究院设有蒙药资源保护及种植栽培研究室、蒙药配伍规律研究室、蒙药提取制备工艺研究室、蒙药质量标准及稳定性研究室、蒙药药理及安全性评价研究室、蒙药制剂中试基地、蒙药及食品检验检测中心等机构。现拥有
200
余台（件）仪器设备，总值达
1200
万元。