全国中医药高教学会是隶属于中国高等教育学会的二级学会。学会理事会由32个团体会员单位的院校长组成，并下设13个研究会，即党建与思想政治工作研究会、学生工作研究会、教学管理研究会、临床教学研究会、研究生教学研究会、现代教育技术研究会、传统保健体育研究会、对外教育与合作研究会、教材建设研究会、中药教育研究会、护理教育研究会、教育理论研究会及中医药教育评估研究会。学会和各研究会每年都不定期地举办各种不同形式的学术活动，对推动高等中医药教育的改革与发展发挥了社团组织的影响与作用。
一、中医药高等教学会1989年4月在北京召开成立大会，各中医药院校的院校长、附属医院院长、国家教委、中国高等教育学会、卫生部和
国家中医药管理局的有关领导出席了会议。会议期间，举行了加强后期临床教学的学术研讨会，会议对后期临床教学的管理体制、教学基地建设，教学质量及考核标准与方法等问题进行广泛的交流与讨论。
在成立大会上，由团体会员单位推荐的理事组成了第一届学会理事会，通过协商推选
胡熙明副部长为名誉理事长、傅世垣为理事长、高鹤亭、陆德铭、李任先、张殿璞、万德先、项平为副理长，同时聘请董建华、田景福、王镭为学会顾问。在第一届理事会任期内，相继成立了党建与思想政治工作研究会和学生工作研究会。
二、1992年4月，中医药高考学会在杭州召开了学会第二届理事会暨教材建设工作会议。学会全体理事、国家教委、国家中医药管理局、上海科技出版社、
中国中医药出版社等负责同志出席了会议。会议期间，全体与会代表认真讨论和修改了《关于加强高等中医药教材建设的意见》、《中医药类规划教材的编写原则》《规划教材组织管理办法》等有关文件，部署了教材主编招标工作及局级重点学科评审工作。会议较好地完成了各项任务。
第二届理事会由
李安邦担任理事长由五所老校的院长担任副理事长。在第二届理事会任期内，先后成立了临床教学研究会针炙教学研究会和对外教育与合作研究会，并分别召开了学术研讨会，同时两年一次的全国中医药院校运动会，分列在各地如期举行，在运动会期间召开传统保健与体育学术研讨会。
三、1996年6月中医药高教学会第三届理事会在
沈阳召开。1996年正值
北京、
上海、
广州、
成都四所高校建校40周年，四所高校经过40年艰苦创业，历经沧桑，为国家造就了近万名高质量的中医药人才，学校发展初具规模，形成了较强的办学实力，有了一支力量雄厚的师资队伍，初步建立了教学、科研两个中心。在教学、科研、医疗、校办产业、对外交流与合作、办学效益等方面显著的成绩，积累了比较丰富的办学经验，但在办学条件、基地建设等方面也还存在着不少的问题。本届理事会全体理事围绕四十年的历程，认真总结四十年的经验教训，为发展高等中医药教育事业提出了许多建设性意见，从教育理念、办学思路、人才培养等理论问题进行了深入的学术研讨。
本届理事会理事长由郑守曾担任。副理事长也由五所老校在职院校长相应地作了调整，理事长
郑守曾由在任期内工作变动，改由贺兴东担任。本届理事会期间分别在安徽合肥、浙江富阳和南京召开三届二次、三届三次、三届四次全体理事会、会议主题主要是围绕教学内容和课程体系的改革以及全面加强和推进素质教育，进行了专题研讨，并协助和参与国家中医药管理局课题招标和课题研究工作。在南京会议上，有八个课题组在大会上作了交流。对高等中医药教育的改革与发展发挥了学会的应有作用。
四、2001年6月，学会在天津召开四届一次理事会，理事长和副理事长作了调整，理事长由王明来担任，副理事长单位由原来的五校以外，增加了湖南、云南西部院校的院校长。本次会议除参加天津中医药文化博览会外，主题是关于新世纪中医药教材建设工作，会议对高等中医药教材建设工作的历程，主要经验和存在的问题，进行了热烈的讨论，对新世纪的教材建设的组织管理办法、教材建设规划、提出了积极建议，为新世纪教材建设工作奠定了良好的基础。国家中医药管理局领导在教材建设研究会成立时提出：新世纪教材建设工作，采取“政府指导学会主办，院校联办，出版社协办”的运作机制，在此后的几年中，中医药各专业教材建设工作，学会和教材建设研究会发挥了积极作用，并取得了较好的成绩。
在四届一次理事会以后，五所老校和黑龙江、山东中医药大学的七位院校长倡议每年召开一次校长论坛，并由学会负责筹备和组织工作。在2002年至2005年的四年间，学会和承办院校分别在上海、哈尔滨、济南、南京共召开了四次校长论坛。论坛以高等中医药教育发展战略研究为纲，围绕扩招后出现的质量问题，方向问题、学科专业结构、条件与规模、人才培养模式、人才质量标准等问题，进行了广泛的论述与探索，并在高等中医药教育的特色、规律、思想、观念等方面的论述，颇有成效。比如：特色主要是指中医教育的个性或特点，以区别其他学科的教育规律是固有的，思想观念是动态的，高等中医药教育要返本归真，回到尊重教育规律和轨道上来，要医德并修、医文结合，医儒兼通、医药并重，这是实实在在的特色与规律。通过几次校长论坛，对一些共同关心的问题，院校长取得了基本一致或相近的共识，这对进一步推动高等中医药教育的理论研究，奠定了较好的基础。
学会在2003年哈尔滨校长论坛即学会四届三次理事会上，王明来理事长由于工作调动，由洪净担任理事长。在本届理事会期间由上海和
黑龙江中医药大学牵头，成立了中医药教育评估研究会，各中医药院校主管教育工作的院校长和教务处长出席了成立大会。
五、2005年底，学会在南京召开第四次校长论坛暨五届一次理事会，本届理事会团体会员扩大了范围，吸收了部分医科大学中医学院的院校长。在论坛会期间，与会代表集中时间深入讨论了由国家中医药管理局课题组提交的各学科专业设置要求和人才培养质量标准。
2006年是我国北京、上海、广州、成都四所中医药大学建校五十周年，各校广泛开展了庆祝活动和教育教学研讨活动，全国中医药院校的院校长分别参加各地的庆典，学会下属各研究会以五十年庆典为契机，在研究会自身领域内开展了五十年回顾，总结与展望，争取在“十一五”期间，作出更大的成绩。
学会拥有自身的学术园地《
中医教育》杂志，学会全体理事担任杂志编委会正副主任和编委，或亲自撰稿、或积极推荐和组织稿件。《
中医教育》杂志2007年被国家中医药管理局评为中医药类杂志“二等奖“，学会相信《中医教育》在全体理事的共同努力下，一定会办得更有特色、更受读者欢迎的杂志。