蒙医基础医学实验室成立于2000年12月，2009年被认定自治区医疗卫生领先(重点)学科实验室，经过10余年的发展，目前已成为内蒙古民族大学蒙医药人才培养以及教学、科研研究基地，是自治区高校蒙医药研究开发工程重点实验室的主要组成部分。该实验室承担和研究的主要课程《蒙医基础理论》是自治区精品课程。
实验室现有房屋面积170ｍ2，基础设施价值约30万元，建设期间购置仪器设备价值为32万元。实验室现有人员11人，其中教授3人，高级职称人员比例为30%，平均年龄38岁；博士5人，硕士5人，学士1人；硕士生导师3人，博士生导师1人。实验室主任由蒙医基础理论学教授乌格敦其其格担任。
重点实验室面向蒙医学、药物制剂（蒙授）及高等护理学（蒙授）本科专业以及民族医学、蒙西医结合临床医学、蒙西医结合基础医学和蒙药学（一级学科）四个硕士学位点，开放于蒙医学专业本科生学年论文和硕士研究生毕业课题研究。五年来，已培养出1000余名本科生和10余名硕士研究生。
2009年以来本实验室团队共承担完成各级科研项目13项，包括国家课题2项，内蒙古自治区课题4项，横向课题1项，重点实验室开放基金1项，校级课题5项。鉴定课题3项，发表论文60余篇，出版著作4部，获得专利2项。