内蒙古蒙医药工程技术研究院与内蒙古民族大学、内蒙古医科大学、内蒙古国际蒙医院、内蒙古大学、内蒙古农业大学、黑龙江中医药大学、沈阳药科大学、辽宁中医药大学、吉林农业大学、中国药科大学、华中科技大学、河北理工大学、内蒙古蒙药股份有限公司、陕西步长制药有限公司、内蒙古康臣药业、奥特奇中蒙药制药有限公司、广州博济医药生物技术股份有限公司、太原市诚诚科技有限公司、北京采瑞医药科技有限公司、北京昭衍新药研究中心有限公司等高校和企业建立了友好协作关系，并正在合作开展蒙医药领域科学研究工作。