内蒙古蒙医药工程技术研究院对外与蒙古国、俄罗斯布里亚特共和国、日本、韩国、加拿大、奥地利、澳大利亚、美国等国家的相关大学，对内与内蒙古民族大学、内蒙古医科大学、内蒙古国际蒙医院、内蒙古大学、内蒙古农业大学、黑龙江中医药大学、沈阳药科大学、辽宁中医药大学、吉林农业大学、中国药科大学、华中科技大学、河北理工大学、内蒙古蒙药股份有限公司、陕西步长制药有限公司、内蒙古康臣药业、奥特奇中蒙药制药有限公司等高校和企业建立了友好协作关系，并合作开展相关领域科学研究工作。

2015年7月11-12日，世界中医药学会联合会蒙医药专业委员会成立筹备会议在内蒙古蒙医药工程技术研究院召开。世界中医药学会联合会黄建银副秘书长、办公室关涛主任、刘香玉同志出席会议并做会议指导。标志着由内蒙古蒙医药工程技术研究牵头的世界中医药学会联合会蒙医药分会筹备工作正式启动。

2015年8月20日，由通辽市政府人民政府、通辽市食品药品监督管理局、内蒙古民族大学等单位主办，内蒙古蒙医药工程技术研究院、内蒙古蒙药股份有限责任公司等单位协办的“第七届国际蒙药及天然药物研究学术研讨会暨通辽首届蒙医药产业博览会”和“内蒙古蒙医蒙药产业技术创新战略联盟”成立大会在通辽市隆重举行。有27家单位加盟，10多家院校与相关企业间签订合作协议。标志着通辽市已成为蒙医药发展核心区，内蒙古蒙医药工程技术研究院正在成为蒙医药产学研用和国内外合作交流的重要平台。